东京FC的前身是“东京瓦斯球会”，成立于1935年。1998年10月1日，东京瓦斯，东京电力，Am/pm，东京电视台及TSUTAYA出资成立东京足球俱乐部有限公司（东京フットボールクラブ株式会社）并在1999年将球会总部设于东京，同年球队取得联赛亚军得以升班加入日本职业联赛。东京FC位于日本首都东京，主场为2000年建成的味之素体育场。
　　2004赛季，球队首次赢得日本联赛杯冠军。2009赛季，东京FC加入日本职业足球联赛十周年，在这一年球队首次推出一只名为“Dorompa”形象似狸子的吉祥物，同年球队第二次赢得日本联赛杯冠军。
　　2010赛季，东京FC位列第16名降级，这是自球队在1999年得到J2联赛亚军升级到J1联赛后11年来首次降级；同时东京FC延续前一年赢得联赛杯冠军球队翌年降级的魔咒，成为继大分三神后连续第二支夺得联赛杯后降级的球队。
　　2011赛季，东京FC在主教练的大熊清带领下夺得J2联赛冠军，时隔一年重回J1联赛。其后球队历史性打入天皇杯决赛并最终夺得冠军，首次获得亚洲冠军联赛参赛资格。2012赛季，东京FC聘请曾执教J2大分三神与J3町田泽维亚的塞尔维亚人波波维奇作主帅，球队分别在当赛季进入亚冠16强，以及J联赛排名第十的战绩。