参加当年亚冠小组赛的球队轮空，直接晋级联赛杯八强。

若四支球队进入亚冠正赛，其余J1联赛14支球队和2支J2球队（上赛季J1第16和17名）参加小组赛，四支小组第一球队和四支小组第二球队相互对决进行主客场附加赛，四支附加赛胜者和四支亚冠球队进入8强。

若三支球队进入亚冠正赛，其余J1联赛15支球队和1支J2球队（上赛季J1第16名）参加小组赛，小组前两名和成绩最好的两个第三名进行主客场附加赛，五支附加赛胜者和三支亚冠球队进入8强。

小组赛为16支球队分成4个小组进行双循环比赛，最后按积分高低排名，若积分相同先统计相互对战成绩，再依次以净胜球、进球数排名。附加赛采取主客场两回合，胜者晋级八强；八强和半决赛采取主客场两回合淘汰制，如果两回合总进球数相同则计算客场进球数，若仍未分出胜负则进行加时赛，倘若加时赛打平则以互射点球分胜负。决赛于中立场进行，90分钟打平进行加时直至点球决出冠军。

注：因受新冠疫情影响，小组赛本来进行的双循环赛制改成单循环，第一个比赛日的结果仍然有效。B组松本山雅退出，全部比赛结束之后，将会给仙台维加泰和浦和红钻各加3分来确定最后的排名。本来的晋级制度也有改变，现改为每组头名和一个成绩最好的第二名晋级，加上三支参加亚冠的球队进行八强赛，八强、半决赛和决赛均采取单败淘汰制。