08/09赛季欧洲冠军联赛分为资格赛，小组赛和淘汰赛三个阶段。
资格赛共三轮，全部采取主客场两回合的比赛，直到三轮过后，获胜球队获得进入小组赛的资格。
小组赛共分八个组，每组四个队，小组前两名晋级冠军联赛淘汰赛，第三名可以参加联盟杯32强的淘汰赛。每个队伍在小组中进行6场主客场的比赛后，按积分高低来排列名次。若积分相同，则对比相同积分之球队相互之间胜负关系，客场入球多的球队占有优势；若仍相同，则按照净胜球多少，进球数多少来排定名次；再相同的话，则由抽签的方式决定进入下一轮的球队。
淘汰赛共分为16强，8强，半决赛，决赛四轮。除了决赛之外，都将进行两回合的主客场比赛。决赛则在中立地（每年提前选出），进行单回合的对决。90分钟内打平则进入30分钟的加时赛；加时赛中获胜的一方则获得冠军；加时赛打平，则进行点球决战。
08/09赛季冠军联赛的决赛在罗马的奥林匹克球场进行。