樸次茅斯足球俱樂部於1898年成立，主場位於漢普郡港口城市樸次茅斯的弗拉頓公園球場。
　　1898年4月5日五名商人在律師見證下成立“樸次茅斯足球及競技有限公司”，並集資在金匠大道附近購入一塊土地作爲成立新球隊之用（即弗拉頓公園球場現址）。球隊以剛因違反業余規例而被迫解散的皇家步兵隊爲藍本，成功取得南部聯賽的參賽資格，首場聯賽在1899年9月2日作客1-0擊敗查塔姆，首季即在28場比賽勝出20場，取得南部聯賽亞軍，翌年更進一步獲得冠軍。但樸次茅斯在1910-11賽季不幸降級，從謝周三招聘卜·布朗成爲主教練，只一季便回升，但樸次茅斯卻債台高築，陷入財務危機。
　　二次大戰後，樸次茅斯成英國聯賽的強隊之一，於1949年（樸次茅斯成立的金禧年）及1950年連續取得兩屆聯賽冠軍。但自冠軍主教練卜·積臣在1952年轉投赫爾城後，球隊青黃不接，自此每下愈況，1959年降級乙組，1961年再降級丙組，雖然只花一季便以冠軍身份回升乙組，但往後十多年只能維持在乙組平凡渡過。約翰·迪肯在1972年成爲樸次茅斯主席並注入現金仍未能扭轉形勢，球隊在1976年再次降級丙組。1976年11月樸次茅斯急需25,000英鎊償還債務以避免破産，最終由當地報章＂新聞報＂發動球迷捐助才渡過難關。球隊出售球員以解財困，更被迫以青年球員出戰，結果在1978年淪落在丁組聯賽角逐。
　　終於在1998年12月宣告清盤。美籍塞爾維亞商人曼達里奇在1999年5月收購樸次茅斯，俱樂部獲注資增兵但仍無起色。前西漢姆聯主教練哈利·列納於2002年執掌樸茨茅斯，占·史勿夫爲其副手，到任即定下取得升級資格爲目標，最終由頭領放至尾，以甲組聯賽冠軍身份升上英超。
　　2005/06賽季開季成績未如理想，繼扎耶奇以家庭爲由離職後，曼達里奇在2005年11月24日宣布辭退上任短短八個月的佩蘭，由教練祖·佐敦暫時領軍。12月7日樸次茅斯與南安普頓達成補償協議，將前主教練哈利列納帶回弗拉頓公園球場。
　　2006年1月2日，樸次茅斯發表聲明，曼達里奇已經把一半所有權轉讓給30歲的法籍俄羅斯富翁亞歷山大·蓋達馬克。7月19日曼達里奇將余下股權以3,200萬英鎊賣給蓋達馬克，並於9月21日宣布在周一對博爾頓賽後辭任主席。
　　2008年5月17日，在溫布利球場舉行的2008年英格蘭足總盃決賽中，樸次茅斯以1-0擊敗卡迪夫城，第二次奪得英格蘭足總盃冠軍，亦打破近幾屆由英超四強（曼聯、切爾西、阿森納、利物浦）球隊壟斷的局面，並取得2008年至2009年歐洲聯盟盃參賽資格。
　　2009年5月27日阿聯酋阿布扎比發展和投資聯合集團首席執行官蘇萊曼·阿爾-法希姆以個人名義成功收購球隊，阿爾-法希姆是集團去年收購曼城的牽頭人，8月26日阿爾-法希姆成功以估計6,000萬英鎊收購球隊，成爲單一東主。10月5日阿爾-法希姆將90%的股份轉讓予沙特阿拉伯商人阿里·阿爾-法拉治。