哥伦比亚杯共分2个阶段，第一阶段由哥伦比亚乙级16支球队，经过2轮两回合的淘汰赛，决出四支球队与12支甲级球队争夺8个十六强名额。第二阶段由哥伦比亚甲前8名的球队和晋级8支球队从参加，第二阶段淘汰赛均采取主客场淘汰制，没有客场进球和加时赛，两回合打平直接点球决胜。