參加當年亞冠小組賽的球隊輪空，直接晉級聯賽盃八強。

若四支球隊進入亞冠正賽，其余J1聯賽14支球隊和2支J2球隊（上賽季J1第16和17名）參加小組賽，四支小組第一球隊和四支小組第二球隊相互對決進行主客場附加賽，四支附加賽勝者和四支亞冠球隊進入8強。

若三支球隊進入亞冠正賽，其余J1聯賽15支球隊和1支J2球隊（上賽季J1第16名）參加小組賽，小組前兩名和成績最好的兩個第三名進行主客場附加賽，五支附加賽勝者和三支亞冠球隊進入8強。

小組賽爲16支球隊分成4個小組進行雙循環比賽，最後按積分高低排名，若積分相同先統計相互對戰成績，再依次以淨勝球、進球數排名。附加賽采取主客場兩回合，勝者晉級八強；八強和半決賽采取主客場兩回合淘汰制，如果兩回合總進球數相同則計算客場進球數，若仍未分出勝負則進行加時賽，倘若加時賽打平則以互射點球分勝負。決賽於中立場進行，90分鍾打平進行加時直至點球決出冠軍。

注：因受新冠疫情影響，小組賽本來進行的雙循環賽制改成單循環，第一個比賽日的結果仍然有效。B組松本山雅退出，全部比賽結束之後，將會給仙台維加泰和浦和紅鑽各加3分來確定最後的排名。本來的晉級制度也有改變，現改爲每組頭名和一個成績最好的第二名晉級，加上三支參加亞冠的球隊進行八強賽，八強、半決賽和決賽均采取單敗淘汰制。