注：* 为已出线球队。

　　2004亚洲杯决赛阶段比赛共有16支球队参加。

作为主办国的中国直接进入决赛周，与另外15支外围赛出线的球队角逐今届亚洲杯，赛事先分为4个小组，每组4队进行单循环比赛，90分钟内胜方可以获得3分，负方则没有得分，和局则双方各取1分。3轮过后小组排名前两位的球队可晋级八强。八强赛事及之后的半决赛与决赛均为单场淘汰赛，若90分钟内未能分出胜负则需加时，若仍未能分出胜负需要互射点球分胜负。

第十三届亚洲杯足球赛于2004年在中国举行，亚洲足球首次回到了它的发源地。
本次亚洲杯赛决赛阶段的比赛首次“扩军”，参赛球队数量将从过去的12支扩大到16支。这16支球队分成4个小组在中国的北京、成都、重庆、济南4个城市进行小组赛。
预选赛共分为两个阶段进行。亚足联根据国际足联的最新排名，除东道主中国和上届冠军日本队外的41支报名参赛球队被分到各个组别，先将41支队伍分成四档，关岛、孟加拉国等20支“弱队”，被先安排到7个小组首先进行第一阶段的预选赛，每个小组的第一名获得参加第二阶段的资格赛。
韩国、伊朗、沙特、卡塔尔、伊拉克、乌兹别克斯坦、阿联酋7支强队，以种子队身份直接进入到第二阶段资格赛的7个小组中。然后再将泰国、巴林、也门、阿曼等第二档次的7支球队再抽到各组中。
最终，中国、日本、伊拉克、泰国、科威特、伊朗、韩国、印度尼西亚、约旦、沙特、卡塔尔、乌兹别克斯坦、阿曼、土库曼斯坦、阿联酋、巴林等16支球队获得参加第十三届亚洲杯正赛的资格，其中土库曼斯坦队得益于扩军，首次参加亚洲杯决赛阶段比赛。
中国队凭借东道主优势，在比赛中高歌猛进，一路杀入决赛，可惜最后遗憾的1:3不敌日本队，最后继1984年后再次屈居亚军。
日本队则首次蝉联冠军，也将冠军数增加到了3次，成为夺冠次数最多的球队之一。